তার বিরুদ্ধে পল্লবী থানায় টেলিযোগাযোগ নিয়ন্ত্রণ আইনে একটি মামলা হয়েছে। সেই মামলাতেও রিমান্ড চাওয়া হতে পারে বলে জানা গেছে।  গত ২৯ জুলাই (বৃহস্পতিবার) রাতে গুলশান-২ এর ৩৬ নম্বর রোডে অবস্থিত বাসায় অভিযান চালিয়ে হেলেনা জাহাঙ্গীরকে গ্রেফতার করেন র‌্যাব সদস্যরা। ওইদিনই তার নামে ডিজিটাল নিরাপত্তা আইনের ২৫/২৯/৩১ ধারায় এই মামলা করেন র‌্যাব-১ এর সিপিও মজিবুর রহমান। মামলায় রাষ্ট্রের গুরুত্বপূর্ণ ব্যক্তি ও সংস্থার বিরুদ্ধে উসকানিমূলক ও মানহানিকর বক্তব্য দেওয়ার অভিযোগ আনা হয়।

এছাড়া বিশেষ ক্ষমতা আইন, বন্যপ্রাণী সংরক্ষণ আইন, মাদকদ্রব্য নিয়ন্ত্রণ আইন ও টেলিযোগাযোগ নিয়ন্ত্রণ আইনসহ চারটি ধারায় আরেকটি মামলা দায়ের করা হয়েছে। সম্প্রতি ‌‘বাংলাদেশ আওয়ামী চাকরিজীবী লীগ’ নামে একটি সংগঠনের পোস্টার সামাজিক যোগাযোগমাধ্যমে ছড়িয়ে পড়ে। পোস্টারে সংগঠনের কেন্দ্রীয় সভাপতি হেলেনা জাহাঙ্গীর আর সাধারণ সম্পাদক মাহবুব মনিরের নামোল্লেখ করা হয়। এই সংগঠনের দেশে-বিদেশে শাখা খুলে সভাপতি ও সাধারণ সম্পাদক নিয়োগ দেওয়ার কথাও বলা হয়। এ নিয়ে খোদ আওয়ামী লীগের মধ্যেই বিতর্কের ঝড় ওঠে।